La historia de esta nueva versión de Zelda se lleva a cabo en una dimensión paralela a la de Hyrule, donde la Luna está a punto de caer sobre un pueblo muy parecido a Kakariko llamado Clock Town donde hay una especie de reloj que es el que controla a la Luna.

Tu misión es la de rescatar la ocarina que le fue robada a Link por un Stalkid (niño perdido del bosque) quien además de robar la ocarina roba a Epona. Al seguirlo, Link entra en otra dimensión y se encuentra con el Stalkid, quien además de traer una máscara muy rara (presumiblemente la de Mujula) lo acompañan dos hadas, una negra y una blanca.

Link, al intentar recuperar su ocarina, el Stalkid lo transforma en un "Deku" (las plantas que hablan) y lo deja así, aunque no solo, ya que por error el hada blanca no logra escapar con el Stalkid y decide ayudarte, aunque sea por conveniencia.

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